Ende des letzten Jahrhunderts wurden aufgrund der wachsenden Gemeinden in Stuttgart Unterteilungen von Parochien bzw. Neugründungen von Kirchspielen notwendig. Da auch die Leonhardsgemeinde so stark angewachsen war, daß sich ihre Pfarrer nicht mehr in der Lage sahen, noch größere Seelsorgebezirke zu betreuen, wurde die Abspaltung einer eigenen Parochie ins Auge gefaßt. Im Sommer 1894 wurde die sogenannte “Wanderkirche”, zunächst als Predigtstation der Leonhardsgemeinde, beim Fangelsbachfriedhof an der Heusteigstraße, Ecke Cottastraße aufgestellt. Der erste Gottesdienst wurde dort am 23.9.1894 gefeiert.

Am 2.März 1896 wurde die erste Stadtpfarrstelle an der Markuskirche errichtet und mit Stadtpfarrer Gustav Gerok besetzt, der dritter Pfarrer an der Leonhardskirche gewesen war. Die eigene Markusparochie aus Teilen der Leonhards-, Paulus- und der Heslacher Gemeinde wurde am 20.5.1896 gegründet. Die Gemeinde zählte ca. 5.900 Mitglieder, und man rechnete mit einem Anwachsen auf etwa 10.000 Mitglieder bis zum Jahr 1910. Da die Plätze der Wanderkirche schon von Anfang an nicht ausreichten, stellte die neugegründete Gemeinde den Antrag für den Neubau einer Kirche. Dennoch dauerte es fast 10 Jahre, bis die Planungen für die heutige Markuskirche konkret wurden.Da im ganzen Stuttgarter Stadtgebiet neue Kirchen entstanden, war vor allem die Finanzierung eine heikle Angelegenheit.

Erst 1905 war die Finanzierung durch die Kirchenpflege und den Markuskirchenbauverein soweit gesichert, daß Heinrich Dolmetsch endgültig mit der Planung beauftragt werden konnte. Ein erster Entwurf überstieg die Kostenvorstellungen bei weitem - Dolmetsch hatte ihn vor der endgültigen Bewilligung der Bausumme erstellt -sodaß er einen zweiten Entwurf anfertigen mußte. Dieser war durch die Verwendung einer Eisenbetonkonstruktion für den Turm, die Stützen und das Gewölbe des Kirchenschiffs wesentlich kostengünstiger und kam dann auch in weiten Teilen zur Ausführung. Am 6.April 1906 genehmigte das Königliche Ministerium des Inneren den Bau der Markuskirche unter der Maßgabe, daß die vorgelegten Pläne eingehalten und für die Eisenbetonkonstruktion des Gewölbes statische Berechnungen vorgelegt würden.