Die Markuskirche bildet zusammen mit dem Pfarrhaus, den verbindenden Mauern und dem Gartenpavillon auf dem dreieckigen Grundstück zwischen Römerstraße im Westen, Filderstraße im Süden und dem tieferliegenden Fangelsbachfriedhof im Norden, einen gruppierten Bau. Der Kirchenbau ist aus verputztem Mauerwerk, die Fenster- und Türeinfassungen sind aus behauenem Sandstein erstellt.

Die Kirche wird durch ein tief heruntergezogenes Mansardendach abgeschlossen, das die Gliederung des Innenraumes in Mittelschiff, Seitenschiffe, Chor, Empore, Sakristei, Treppenaufgänge und andere Nebenräume deutlich anzeigt. Die Markuskirche weist als Besonderheit zwei Dachreiter auf: den kupfernen Markuslöwen im Westen und ein Kreuz im Osten. Der Turm erhebt sich auf quadratischem Grundriß, geht im dritten Obergeschoß in ein Oktogon über, das die beiden runden Glockengeschosse trägt. Das obere Glockengeschoß springt etwas zurück und ist mit einem Umgang versehen. Den oberen Abschluß bildet ein Turmhelm mit Laterne. Insgesamt ist der Turm 48.5 Meter hoch; er gilt als der erste in Eisenbeton ausgeführte Kirchturm Deutschlands. Zwischen den Schallöffnungen des unteren Glockengeschosses befinden sich auf den Pilastern über den Turmecken vier große Engelsgestalten. Die vier Figuren symbolisieren den Kampf (Schwert) und den Frieden (Palme), die Hoffnung (Anker) und die Auferstehung (Posaune).

Auffällig sind die verschiedenen Formen der Türen und Einfassungen, ebenso die unterschiedlichen Fensterformen. Das Hauptportal ist zum Beispiel mit einer geschwungenen, an gedrückte Kleeblattbögen erinnernden Umfassung versehen, der Sakristeizugang ist rechteckig mit Oberlichtern.