Die Markuskirche blieb vor schweren Zerstörungen während des zweiten Weltkrieges weitgehend verschont und war nach wenigen Ausbesserungs- arbeiten bald wieder benutzbar. Da nach Kriegsende die Orgel der Markuskirche die einzige überhaupt noch spielbare große Orgel in Stuttgart war, wurde die Kirche zum Zentrum kirchlicher Musik. Später spielte für die Fortsetzung dieser Tradition auch die gute Akustik der Kirche eine große Rolle. Zeitweise war hier die ausgebombte Musikhochschule untergebracht. Die Kriegsschäden hatten keinen so tiefgreifenden Einfluß auf den Kirchenraum wie dann die späteren Veränderungen im Inneren der Kirche. Schon nach dem ersten Weltkrieg kam Unzufriedenheit mit der vermeintlich zu reich geschmückten Kirche auf. Hauptanstoß wurde an den vier großen Leuchtern im Kirchenschiff genommen.

In den vierziger oder fünfziger Jahren wurden die schmiedeeisernen Leuchter entfernt, ebenso der Leuchter über der Empore und die kleineren Lampen an Wänden und Seitenschiffdecken. Ursprüngliche Beleuchtungskörper finden sich noch in Nebenräumen und Treppenaufgängen. Sie lassen einen kleinen Eindruck zu, wie fein auch diese Ausstattung auf den Kirchenraum abgestimmt war, und welch großen Verlust es bedeutet, daß diese Leuchter verschwunden sind.

Die augenfälligste Veränderung im Chorraum ist durch die Schließung des Orgelprospekts vorgenommen worden, wodurch die Lichtwirkung des Chorraumes entscheidend verändert wurde.

Mitte der fünfziger Jahre wurde, dem Zeitgeschmack entsprechend, die fein aufeinander abgestimmte Farbigkeit des Kirchenschiffes -helles Gelb und Grau, grünes Linoleum- in einem einheitlichen Beige überstrichen, was dazu führte, daß der Raumeindruck zerstört war. Zur farblichen Belebung wurden Buntglasfenster mit Szenen aus dem Alten Testament nach Entwürfen von Wolf-Dieter Kohler von der Kunstglaserei Emil Gaiser eingebaut. Die ursprünglichen Fenster bestanden aus leicht getönten Scheiben. Bei der Restaurierung 1976 bis 1978 wurde die ursprüngliche Farbigkeit der Wände und Decke wiederhergestellt, die intensiv farbigen Fenster blieben.

Die Motive der Fenster sind:

zur Filderstraße (von links nach rechts)
1. Gruppe Schöpfungsansichten und Sündenfall (Sündenfall - Erschaffung der Frau - Vertreibung aus dem Paradies)
2. Gruppe Noah (Auszug aus der Arche - Noahbund - Sintflut)
3. Gruppe Abraham (Besuch der drei Männer - Abrahambund - Abraham betet für Sodom)

zum Friedhof (von rechts nach links)
4. Einzelfenster (Engel)
5. Gruppe Mose (Eherne Schlange - Goldenes Kalb - Moses Berufung am Dornbusch)
6. Gruppe David (Nathan und David - Saul und David - Salbung Davids)
7. Gruppe Elia (Elia erweckt den Knaben vom Tode - Entrückung Elias - Elia am Bach Krith)

Emporenrückwand
8. Fenstergruppe (Engelsgestalten aus der Offenbarung)